Chemia i struktura kwasów nukleinowych (BCH352)
Opis kursu
Liczba godzin: 15 godzin wykładów, 15 godzin ćwiczeń
Punkty ECTS: 2
Semestr: letni
Dla kogo: kurs przeznaczony dla studentów studiów licencjackich (I stopnia) kierunku Biochemia
Warunki uczestnictwa: zalecane wcześniejsze zaliczenie kursu z analityki chemicznej; wymagane zaliczenie kursu Biochemia fizyczna (BCH359)
Koordynator kursu:
dr Piotr Bonarek
Wykładowca:
dr Piotr Bonarek
Prowadzący ćwiczenia:
dr Piotr Bonarek
Godzina i miejsce wykładów:
czwartek, godzina 8:00–9:30
sala 1.01.17
Godziny i miejsce ćwiczeń:
poniedziałek, godzina 15:00–17:15
piątek, godzina 14:15–16:30
pracownie ZBF
Tematyka kursu:
Wykłady: Chemia nukleotydów. Chemiczne analogi kwasów nukleinowych. Struktura pierwszo- i drugorzędowa DNA. Helisa: A, B, Z. Typy parowania zasad. Denaturacja, renaturacja helisy. Trój- i czteroniciowy DNA. Struktury trzeciorzędowe, skręty i superskręty. Struktury drugorzędowe RNA: spinki, tRNA, rybozymy. Świat RNA. Ligandy kwasów nukleinowych: interkalatory, substancje łączące się z DNA w bruzdach. Drobnocząsteczkowe ligandy wiążące się do RNA, miRNA, siRNA. Charakterystyka oddziaływań białko-kwas nukleinowy. Wiązanie specyficzne i niespecyficzne. Termodynamika oddziaływań. Typowe strukturalne motywy wiążące w białkach. Schematy rozpoznawanych sekwencji, konserwacja w ewolucji. Zmiany struktury drugo- i trzeciorzędowej kwasów nukleinowych wywołane oddziaływaniem białek. Nukleoproteiny: rybosomy, organizacja chromatyny.
Zajęcia laboratoryjne: Konfiguracja i konformacja nukleotydów. Analiza helis A, B i Z DNA metodą dichroizmu kołowego. Analiza termodynamiki topnienia DNA. Charakterystyka wiązania interkalatorów do DNA z wykorzystaniem fluorescencji i anizotropii fluorescencji.
Regulamin
- W trakcie trwania kursu dopuszcza się 1 usprawiedliwioną nieobecność.
- Spóźnienie większe niż 15 minut daje prowadzącemu prawo nie wpuszczenia studenta na zajęcia.
- Zmiana grupy ćwiczeniowej jest dopuszczalna tylko w nadzwyczajnej sytuacji, po konsultacji z prowadzącym dane ćwiczenie.
- Studentów obowiązuje merytoryczne przygotowanie do każdego ćwiczenia na podstawie instrukcji do ćwiczenia oraz literatury wskazanej przez prowadzącego.
- Warunkiem zaliczenia ćwiczeń jest co najmniej ocena dostateczna wyliczona jako średnia arytmetyczna z ocen cząstkowych z poszczególnych ćwiczeń.
- Warunkiem dopuszczenia do egzaminu końcowego jest uzyskanie zaliczenia z ćwiczeń.
- Na ocenę kursu składa się ocena z ćwiczeń (25%) i testu zaliczeniowego (75%).
Harmonogram wykładów
Harmonogram ćwiczeń
Zalecana literatura
- „Biofizyka kwasów nukleinowych dla biologów" pod red. Marii Bryszewskiej i Wandy Leyko, Wydawnictwo Naukowe PWN, 2000
- Blackburn M, „Nucleic Acids in Chemistry & Biology" Royal Society of Chemistry, 2005
- Kensal E. van Holde, W. Curtis Johnson, P. Shing Ho „Principles of Physical Biochemistry" Pearson Education International
- Charles Cantor, Paul Schimel „Biophysical chemistry" W. H. Freeman and Company