Chemia i struktura kwasów nukleinowych (BCH352)

Opis kursu

Liczba godzin: 15 godzin wykładów, 15 godzin ćwiczeń
Punkty ECTS: 2
Semestr: letni
Dla kogo: kurs przeznaczony dla studentów studiów licencjackich (I stopnia) kierunku Biochemia
Warunki uczestnictwa: zalecane wcześniejsze zaliczenie kursu z analityki chemicznej; wymagane zaliczenie kursu Biochemia fizyczna (BCH359)

Koordynator kursu:
dr Piotr Bonarek
Wykładowca: 
dr Piotr Bonarek
Prowadzący ćwiczenia:
dr Piotr Bonarek
Godzina i miejsce wykładów:
czwartek, godzina 8:00–9:30
sala 1.01.17
Godziny i miejsce ćwiczeń:
poniedziałek, godzina 15:00–17:15
piątek, godzina 
14:15–16:30
pracownie ZBF

Tematyka kursu:
Wykłady: Chemia nukleotydów. Chemiczne analogi kwasów nukleinowych. Struktura pierwszo- i drugorzędowa DNA. Helisa: A, B, Z. Typy parowania zasad. Denaturacja, renaturacja helisy. Trój- i czteroniciowy DNA. Struktury trzeciorzędowe, skręty i superskręty. Struktury drugorzędowe RNA: spinki, tRNA, rybozymy. Świat RNA. Ligandy kwasów nukleinowych: interkalatory, substancje łączące się z DNA w bruzdach. Drobnocząsteczkowe ligandy wiążące się do RNA, miRNA, siRNA. Charakterystyka oddziaływań białko-kwas nukleinowy. Wiązanie specyficzne i niespecyficzne. Termodynamika oddziaływań. Typowe strukturalne motywy wiążące w białkach. Schematy rozpoznawanych sekwencji, konserwacja w ewolucji. Zmiany struktury drugo- i trzeciorzędowej kwasów nukleinowych wywołane oddziaływaniem białek. Nukleoproteiny: rybosomy, organizacja chromatyny.

Zajęcia laboratoryjne: Konfiguracja i konformacja nukleotydów. Analiza helis A, B i Z DNA metodą dichroizmu kołowego. Analiza termodynamiki topnienia DNA. Charakterystyka wiązania interkalatorów do DNA z wykorzystaniem fluorescencji i anizotropii fluorescencji.

Regulamin

  1. W trakcie trwania kursu dopuszcza się 1 usprawiedliwioną nieobecność.
  2. Spóźnienie większe niż 15 minut daje prowadzącemu prawo nie wpuszczenia studenta na zajęcia.
  3. Zmiana grupy ćwiczeniowej jest dopuszczalna tylko w nadzwyczajnej sytuacji, po konsultacji z prowadzącym dane ćwiczenie.
  4. Studentów obowiązuje merytoryczne przygotowanie do każdego ćwiczenia na podstawie instrukcji do ćwiczenia oraz literatury wskazanej przez prowadzącego.
  5. Warunkiem zaliczenia ćwiczeń jest co najmniej ocena dostateczna wyliczona jako średnia arytmetyczna z ocen cząstkowych z poszczególnych ćwiczeń.
  6. Warunkiem dopuszczenia do egzaminu końcowego jest uzyskanie zaliczenia z ćwiczeń.
  7. Na ocenę kursu składa się ocena z ćwiczeń (25%) i testu zaliczeniowego (75%).

Harmonogram wykładów

Harmonogram ćwiczeń

Zalecana literatura

  • „Biofizyka kwasów nukleinowych dla biologów" pod red. Marii Bryszewskiej i Wandy Leyko, Wydawnictwo Naukowe PWN, 2000
  • Blackburn M, „Nucleic Acids in Chemistry & Biology" Royal Society of Chemistry, 2005
  • Kensal E. van Holde, W. Curtis Johnson, P. Shing Ho „Principles of Physical Biochemistry" Pearson Education International
  • Charles Cantor, Paul Schimel „Biophysical chemistry" W. H. Freeman and Company
     

Ogłoszenia

Logowanie

Aby uzyskac dostęp do materiałów na ćwiczenia należy się zalogować uzywając tego samego loginu i hasła, kóre zostały przyznane do korzystania z poczty uniwersyteckiej.