Biochemia fizyczna - laboratorium (WCh-CM-B105-10)
Opis kursu
Liczba godzin: 30 godzin ćwiczeń
Punkty ECTS: 3
Semestr: letni
Dla kogo: kurs przeznaczony dla studentów studiów magisterskich (II stopnia) kierunku chemia
Warunki uczestnictwa: Chemia fizyczna, Biochemia
Koordynator kursu:
prof. Marta Dziedzicka-Wasylewska
Opiekun ćwiczeń:
dr Sylwia Kędracka-Krok
Prowadzący ćwiczenia:
dr Piotr Bonarek, dr Andrzej Górecki, dr Sylwia Kędracka-Krok, dr Sylwia Łukasiewicz, dr Agnieszka Polit, mgr Anna Chmielińska
Godziny i miejsce ćwiczeń:
poniedziałek, godziny 11:15-13:30 (grupa 2B) i 14:00-16:50 (grupa 3B)
pracownie Zakładu Biochemii Fizycznej
Tematyka kursu:
Zajęcia laboratoryjne: Wyznaczanie struktury drugorzędowej białek i DNA poprzez pomiary dichroizmu kołowego (ang. circular dichrism – CD). Pomiary czasów życia fluorescencji wewnętrznej białek. Badania oddziaływania białko-ligand przy użyciu izotermicznej kalorymetrii miareczkowania (ang. isothermal titration calorimetry – ITC). Zastosowanie pomiarów fluorescencji w badaniach zmian strukturalnych białek i błon lipidowych. Badania procesów fałdowania i denaturacji białek metodami dichroizmu kołowego i skaningowej mikrokalorymetrii (ang. differential scanning calorimetry – DSC). Pomiary kinetyki enzymatycznej z zastosowaniem metody zatrzymanego przepływu (ang. stopped-flow).
Regulamin
- W trakcie trwania kursu dopuszcza się 1 nieobecność na ćwiczeniach, w wyjątkowych sytuacjach dwie nieobecności przy czym jedna z nich musi być usprawiedliwiona a ćwiczenie odrobione.
- Spóźnienie większe niż 15 minut daje prowadzącemu prawo nie wpuszczenia studenta na zajęcia.
- Zmiana grupy ćwiczeniowej jest dopuszczalna tylko w nadzwyczajnej sytuacji, po konsultacji z prowadzącym dane ćwiczenie.
- Studentów obowiązuje merytoryczne przygotowanie do każdego ćwiczenia na podstawie instrukcji do ćwiczenia oraz literatury wskazanej przez prowadzącego.
- Warunkiem zaliczenia poszczególnych ćwiczeń jest oddanie sprawozdania.
- Sprawozdania powinny być pisane w parach. Osoba, której nazwisko nie znajdzie się w sprawozdaniu, musi napisać sprawozdanie samodzielnie.
- Czas na oddanie sprawozdania wynosi 1 tydzień, za każdy tydzień zwłoki ocena wyjściowa będzie obniżana o pół stopnia.
- 8. Sprawozdanie zawierające plagiat jest oceniane na 0 punktów (liczone do średniej).
- Ocena z danego ćwiczenia jest średnią z ocen: oceny uzyskanej w trakcie zajęć (kolokwium wstępne) i oceny ze sprawozdania.
- Ocena końcowa z ćwiczeń jest średnią arytmetyczną z ocen cząstkowych z poszczególnych ćwiczeń.
- Warunkiem dopuszczenia do testu końcowego jest uzyskanie zaliczenia z ćwiczeń (ocena co najmniej dostateczna). Wszystkie sprawozdania muszą być oddane przynajmniej 5 dni przed testem.
- Ocena z egzaminu końcowego stanowi końcową ocenę z kursu.
- Uwaga! Zaliczenie ćwiczeń na ocenę bardzo dobrą jest premiowane trzema punktami doliczanymi do liczby punków uzyskanych z testu, zaś na ocenę dobrą plus – dwoma punktami.
Harmonogram ćwiczeń
ZAJĘCIA ORGANIZACYJNE
Termin i miejsce: 29 lutego 2016, godz. 11:00, sala 2.01.11 (na terenie Zakładu Biochemii Fizycznej, parter)
Prowadzący: dr Sylwia Kędracka-Krok
Ćwiczenie nr 1
Termin i miejsce: 7 marca 2016, sala 2.01.16
Temat: Pomiary czasów życia fluorescencji wewnętrznej białek
Prowadzący: dr Sylwia Łukasiewicz
Ćwiczenie nr 2
Termin i miejsce: 14 marca 2016, sala 2.01.3
Temat: Wyznaczanie struktury drugorzędowej białek w roztworze metodą dichroizmu kołowego
Prowadzący: dr Andrzej Górecki
Ćwiczenie nr 3
Termin i miejsce: 21 marca 2016, sala 2.01.04
Temat: Pomiary szybkiej kinetyki enzymatycznej metodą zatrzymanego przepływu
Prowadzący: dr Sylwia Kędracka-Krok
Ćwiczenie nr 4
Termin i miejsce: 4 kwietnia 2016, sala 2.01.11
Temat: Badanie przejść fazowych w błonach biologicznych metodą pomiaru anizotropii fluorescencji
Prowadzący: mgr Anna Chmielińska
Ćwiczenie nr 5
Termin i miejsce: 11 kwietnia 2016, sala 2.01.16
Temat: Badanie rozwijania białek metodą kalorymetrii różnicowej
Prowadzący: dr Sylwia Kędracka-Krok
Ćwiczenie nr 6
Termin i miejsce: 18 kwietnia 2016, sala 2.01.3
Temat: Badanie procesów denaturacji białek mocznikiem poprzez pomiary dichroizmu kołowego
Prowadzący: dr Agnieszka Polit lub dr Piotr Bonarek
Ćwiczenie nr 7
Termin i miejsce: 25 kwietnia 2016, sala 2.01.19
Temat: Zastosowanie metody wygaszania fluorescencji wewnętrznej do badań strukturalnych białek
Prowadzący: dr Sylwia Łukasiewicz
Ćwiczenie nr 8
Termin i miejsce: 9 maja 2016, sala 2.01.3
Temat: Analiza konformacji DNA przy pomocy dichroizmu kołowego
Prowadzący: dr Piotr Bonarek
Ćwiczenie nr 9
Termin i miejsce: 23 maja 2016, sala 2.01.19
Temat: Badanie oddziaływania białko-ligand metodą ITC
Prowadzący: dr Piotr Bonarek
Zalecana literatura
- Kensal E. van Holde, W. Curtis Johnson, P. Shing Ho „Principles of Physical Biochemistry" Pearson Education International
- Charles Cantor, Paul Schimel „Biophysical chemistry" W. H. Freeman and Company
- J. R. Lakowicz „Principles in fluorescence spectroscopy" Kluwer Academic Publisher
- Peter Atkins „Chemia fizyczna" PWN